波吉亚家族第三季的剧情跨越十年，讲述了随着意大利迈向新世纪，波吉亚家族的兴旺：Cesare通过教宗国的征服之路渐露曙光，Lucrezia试图按自己的意愿执掌罗马，而Rodrigo，这位年事已高的亚历山大六世教皇，努力不让年龄摧毁他的力量。